為日本佛教最大宗派的凈土真宗之本山。分為東西二寺。(一)西本愿寺:位于京都市下京區堀川通六條。為真宗本愿寺派之本山。又稱本派本愿寺,山號龍谷山。俗稱阿西。弘長二年(1262),真宗開祖親鸞示寂,門徒將之葬于東山大谷。未久,親鸞之女覺信尼與門徒顯智于文永九年(1272)移葬吉水之北,營建御影堂,龜山天皇賜號‘久遠實成阿彌陀佛本愿寺’,并被列為敕愿所。
第八世住持蓮如,欲挽救趨于衰頹之寺運,乃大力弘法,廣招信眾,聲勢日隆,遂遭天臺宗比睿山信眾之嫉忌,于寬正六年(1465),縱火燒毀該寺。蓮如遷至近江之園城寺,后又遇亂,輾轉逃至北陸,建立道場,廣化七州信眾。至文明十一年(1479)在京都山科之地興建松林山本愿寺。該寺再度為日蓮宗徒燒毀(1453)。第十世住持證如以大阪之石山本愿寺為本山,再事營造。
天正八年(1580),第十一世顯如與織田信長共謀移祖像至紀州鷺森,其后移往和泉(大阪府)貝冢,又移至攝津(大阪市)天滿。天正十九年(1591),接受豐臣秀吉獻寺地,為今西本愿寺之起源,第十二世準如始著手營之。現在之堂舍系元和三年(1617)火災后歷年所建,有總門、唐門、影堂、書院、經藏、耕作閣、虎之間、青蓮社、凌花亭等建筑。[叢林集卷九、大
谷本愿寺通紀卷一至卷五、卷九、真宗全史、本愿寺論]
(二)東本愿寺:位于京都市下京區烏丸通七條。為真宗大谷派之本山。又稱大谷本愿寺。俗稱阿東。慶長七年(1602),德川家康捐寺地予顯如之長子教如,于是創立東本愿寺。家康自上野前橋妙安寺請來祖像以供奉之
。寬永十六年(1639),將軍家光又獻地廣為擴建。萬治元年(1658)以降,陸續設立分別院,如大谷別院、淺草之別院等。然于寬正元年(1789)、文正六年(1823)等,堂舍曾數度遭火焚毀,現存者為明治時代之建筑,有大師堂、敕使門、宮御殿、大玄關、大寢殿、集會所、寶藏等,其中最宏偉之大師堂于明治十三年肇建,計十五年始完工。[叢林集卷九、真宗故實傳來鈔、大谷本愿寺通紀卷六、大谷派本愿寺要覽]